慈善堂座落在福州市乌山东麓第一山下，乌塔之西。
慈善堂大门是一座三开间两层近代洋楼，中央开间设拱门，门顶有扇形匾额，左右矩形窗上有木过梁，一层表面有黄色粉刷。二层红砖砌筑，檐口有砖叠涩线脚，上为两坡顶小青瓦屋面。
大门后为天井，有两厢。天井后为大殿，正面五开间，穿斗式木构架，硬山顶观音兜式封火山墙。大殿占中央三开间，西开间为西归堂，东开间为穿堂通向后进。据福州市级文物保护单位碑背面碑文（文保碑已不知所踪），“殿前古井，立有清同治年丁卯年‘东井’碑刻”。现石碑只剩下半部分横卧在西归堂前。据《福州晚报》2003年报导：“……在堂前乌山广场建设工地发现一块古碑，上以古篆题‘东井’，以隶书题‘同治丁卯七月’，为清代同治年间修浚南涧寺寺内古井‘东井’和‘西井’时所立。”（现“西井”碑置于护道白真人庙内。）
出穿堂为后进门厅，正对一单间小楼；其东为小院，小院正面为两开间两层木结构住房；再东侧，复有一单开间大进深两层住房，其下为厨房。
《三山志》载：“梁大通六年（西元532年），居士苏清以宅为之。唐乾宁二年（西元895年），闽王创天王殿。三年，号南涧护国天王，合庵十二为寺，得名南涧寺。”
《闽都记》载：“建于唐乾宁二年，闽王建天王殿，号南涧护国天王，合庵（即慈善堂）十二为寺。”
清《榕城考古略》载：“晋时林氏渡江入闽，有华阳道士凿井于南山足下，太早不竭。”井水清冽甘甜，唐时可供数百僧尼饮用。
《乌石山志》载：“南涧报国寺，今称南涧寺，在山之东。梁大通六年，居士苏清舍宅为之。唐乾宁二年，闽王审知增建天王殿。后人以有天王殿，故亦称天王寺。三年，号南涧护国天王，合庵十二为寺，以居涧旁，故名。
《八闽通志》：“伪闽时、迁寺于山之阴。”
五代梁乾化三年（西元915年），改为千福院，始建长乐台。北宋熙宁二年（西元-年）知州程师孟曾为篆“长乐台”。元代审理黄济改建长乐台，改名为“鳞次台”。明建文元年（西元1399年）沈沂篆镌“鳞次台”。
据旧时碑载，道光、光绪年间和民国初期均作不同程度的修茸和拓建，终形成20多间殿、堂、舍、室规模。1933年时，堂宇占地仍达1300平方米，除建有大士殿、念佛堂、钟鼓楼、伽兰殿、西归祠、斋堂、宿舍外，花园中还配置有亭谢、假山、放生池，种植有桂花、肚竹、建兰和睡莲等名贵花卉，不仅殿堂明亮典雅，堂宇环境亦十分清幽。福州督署、府县达官贵人、文人名士带妻儿从乌石山游览下山之后，多会顺道到堂内品茶。
抗战胜利后，福州高湖人杨显旺又缘首重修，1966年文革期间遭到--“破四旧”，由于天灾--，年久失修，堂院倾倒残破不堪，四分之三的殿房成了民屋，到1980年代年仅保留一座殿堂，几间旧屋，几棵榕树和一口井泉。
1990年代，福州市人民政府（时福州市委书记赵学敏）以“乌山文化广场”的名义立项，责令福州市房地产开发总公司（时任总经理翁金榕）对本区域进行拆迁，以向外商出让土地。拆迁过程中引发拆迁户集体抗争，发生数起死伤事件。慈善堂首进门楼被拆毁。
“乌山广场”拆迁后长期闲置。据说对此地感兴趣的开发商极多，有几个甚至已经达成初步意向，但不知何故均在签约前反悔。直到2002年，由时任市委书记何立峰介绍给泉州的开发商开发“冠亚广场”。
慈善堂原由民间优婆夷主持，约1990年代末由佛协派遣正式尼僧住持。
2003年，慈善堂管委会筹资四十余万原重修慈善堂，并立碑记。
2007年，福州市鼓楼区人民政府公布慈善堂为第五批文物保护单位。