位于中山北路口，为过江轮渡码头。民国18年，为迎接孙中山灵柩由北平运到南京安葬，国民政府在今下关中山北路口建成中山码头。是年5月28日，孙中山灵柩经浦口码头由威胜号军舰渡江至中山码头，经中山大道葬于中山陵。此后，中山码头仅供停靠官差船只。为了保留这座有纪念意义的码头，南京市政府将下关至浦口的轮渡从澄--头迁至中山码头。民国22年12月，中山码头扩建，民国24年春竣工，民国25年3月正式开业经营轮渡，命名为首都轮渡码头，不久因与铁路轮渡(首都铁路轮渡)名称易混淆而仍称为中山码头。南京沦陷期间，中山码头被侵华日军侵占用作海军码头，称安宅栈桥，轮渡码头迁至下关--口。抗战胜利后，中山码头恢复原来的名称和轮渡业务。
解放后，中山码头是下关至浦口仅有的轮渡航线，每日开航62～70班次，日渡运乘客3万人次以上，还有中山码头至六合九里埂航线和中山码头至燕子矶等航线。南京长江大桥通车后，航次改为1小时一班，日渡运量1万余人次。1978年后，随着南京经济发展和浦口开发，日客运量增至4万余人次。除中山码头至浦口航线外，还开辟了中山码头至采石矶等不定期水上游览航线。
1990年，已使用50余年的中山码头候船室进行扩建，是年12月29日完工，建成“山”字造型3层楼候船室一座，建筑面积3040平方米，对其他轮渡设施也分别改造和新建。1992年5月9日，新候船室正式启用。现侯船室陈列有中山先生奉安大典实况图片资料及中山码头建设图片资料。