祁门县博物馆筹建于1986年10月，1988年6月工程竣工并投入使用，属综合性历史博物馆。1998年，因工作需要，祁门县博物馆与祁门县文物管理所合并，一个机构两块牌子，名称为“祁门县博物馆”。
祁门县博物馆成立以来，充分发挥本地优势，通过考古发掘、调查征集、民间收购、野外采集等数十年的努力，具备了一定的文物收藏规模。到目前为止各类藏品有12000余件（包括契约文书），内容涉及徽州契约文书、陶瓷、书画、书籍、铜器、砚台、印章、玉器、竹器、木器和近现代文物。其中尤以馆藏特色文物——“徽州契约文书”最富特色，它记载和反映了明清至民国时期祁门人民的生产、生活中的各个方面，具有较强的地方历史文化特色，为研究徽州历史文化提供了宝贵的文字资料。
在做好馆藏文物征集、保管和不可移动文物保护管理工作的同时，本着“有效保护、合理利用、加强管理”的原则，积极开展富有地方特色及教育意义的专题展览活动，成为祁门县青少年爱国主义教育基地和研究徽州政治、经济、民俗文化的科研基地。先后成功举办了“台北故宫博物馆书画藏品展”、“祁门地方工业品展”、“祁门馆藏文物暨民间收藏展”、“祁门县馆藏书画展”、“馆藏匾额暨民俗物品展”。受到省内外有关专家及广大观众的一致好评。
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