三元宫位于新浦区花果山乡花果山，海拔五百八十米处。
根据《重建云台山三元宫碑记》记载“三元宫发迹于唐，重建于宋，敕赐于明，其来久矣”！唐宋时，三元宫的规模比较小，到明宪宗成化六年（1645）鲁府王孙度为僧，募资重建展宇，这时候的规模仍旧有限，到明万历十五年（1587）山阳（今淮安）人谢淳毁家捐资进行大规模兴建，到万历二十四年（1596）九月方告落成，万历二十二年（1594），慈圣太后颁赠三元宫大藏经一部、佛象三轴、紫衣一袭、锦二联、经幅一方、银宝一，以示恩荣。万历三十年，明神宗双赐经一藏，并敕谕三官庙众僧，天启四年（1624）孔监高晋卿等人奉赐修缮三元宫并由皇帝命名：“敕赐护国三元宫”，这就是三元宫的极盛时期，香火可达二万家，清康熙帝不仅御书“遥镇洪流”匾额悬挂三元宫正殿内，而且委托侍卫五哥到此代为进香，这时众僧数百人，分住三十六所房屋。每年正月十五日前后附近数省善男信女络绎而来，鞭炮香火尽夜不绝。一九三八年，三元宫的大部分建筑毁于日本帝国主义的轰炸中。
三元宫奉的是三元大帝，关于三元，众说不一。据传说，唐朝状元陈光蕊所生三子在云台山得道分别做了天官、地官、水官，尊为三元三官、三品。
三元宫院内千年银杏，如巨伞撑空，荫蔽全院，西侧的灵官殿，台阶交峻，门楼飞峙，南面有棵清代的花形似钟的紫玉兰。
自在天在东侧，与灵观殿只有一路之隔，下面是一道门楼式的院墙，青瓦白壁，淡雅宜人，门内中间是小院，北面是观音殿，丹柱朱门，殿宇严然，“自在天”一带境极清幽，游人至所，仿佛步入“世外桃源”。无不感到闲适自在。古诗“到此便为幽境处，落花满地却呼童”。真切地道出了这里的意境。
站在“自在天”和灵官殿之间仰首而望“五十三参”（现为七十四级踏步）陡峭如天梯，顶端便是重修后的三元宫前山门。金瓦红墙，气势壮观，门前有棵千年古柏，一杆独立，枯洞遍身，树顶虬枝盘绕，苍翠崎崛。
类型：古迹道观
游玩时间：建议1-2小时
电话：0518-85720207
开放时间：
旺季（3月1日-11月30日）7:00-16:30，淡季（12月1日-次年2月28日）8:00-16:00
门票信息：
无需门票。包含在花果山门票内