赛格寺是全藏区规模最大的藏传佛教觉囊派寺庙，位于县城东测。自从格鲁派创始人宗喀巴大师对觉囊派实行改宗后各地寺庙逐渐消亡，唯有这里不仅没有消亡，反而十分兴盛，寺内有许多藏密气功等神秘宗教现象，该寺燃灯节酥油花会十分著名，是研究、旅游觉囊派藏传佛教的最佳去处。该寺距成都504km，距马尔康245km。
赛格寺院位于阿坝县城以东一公里成（都）阿（坝）公路南侧的哇尔玛乡铁穷村，是阿坝县和整个川西北藏区规模最大的觉囊派寺院。赛格寺的藏戏表演和燃灯节早已享誉四方。 明朝万历年间（公元16世纪末）哇尔玛洞沟村赛桑家族的赛翁波和更尕云丹勒珠远涉西藏拜请觉囊派第五世祖师达饶那它为师，虚心修学觉囊佛法，并受到大师多次灌顶，学成返家后，遵照师傅嘱咐在阿坝广传佛法，于明万历二十八年（公元1600年）在哇尔玛乡洞沟村果尔洼创建了县内最早的觉囊派果尔洼寺；也称为赛桑寺或旧赛格寺。建寺后广招门徒弘扬佛法，到赛相曲-主持该寺时，他以自己广博的学识，雄辩的口才弘扬觉囊佛法，寺院一时十分兴盛。万历末年（公元17世纪初）更尕和桑吉前往阿坝县洛尔达乡拜请卓格寺院第一世更尕华尔让-为根本上师修习经典；万历四十一年（公元1613年）二-在哇尔玛乡建立看尔桑寺，又称雪珠大丹轮；到看尔桑-更尕旦巴求迫时，四土等许多寺院僧人因仰慕他学识渊博而到赛格寺院学法习经。
为了振兴觉囊佛法，增强寺院实力，经赛桑-和看尔桑-协商，并取得卓格寺院-更尕云丹甲木措赞同，清同治元年（公元1862年）将果尔洼寺院和看尔桑寺院两小寺合并；由卓格寺院更尕云丹甲木措亲临该寺加持奠基，在哇尔玛乡铁穷扩建成赛格寺院。民国初年（公元20世纪初），军阀马步芳部队大肆劫掠青海省果洛州阿司炯部落，无恶不作，阿司炯部落百姓不堪忍受蹂躏纷纷逃亡今壤塘县境。赛格寺院赛桑看尔桑-出面调解，拯救了该部落，使该部落生灵免遭涂炭；阿司烔部落土官为报答拯救之恩拜请赛格寺为根本上师寺院。
1951年8月0茂县专区专员张向善率代表团抵达阿坝县，驻扎在赛格寺院，与麦桑土官华尔功臣烈达成了和平解放阿坝协议；同年9月11日成立的四土阿坝绰斯甲临时军政委员会阿坝办事处，12月22日成立的相当于县的阿坝藏族自治区人民政府均设治于赛格寺院内，得到寺院的大力支持和配合。到1958年民主改革前夕，该寺已历经14代-，有和尚近400人，其中堪布1人，-7人，格西3人。
1982年8月，赛格寺院重新开放为宗教活动点，经殿、禅堂、依怙殿、转经廊、僧房修葺一新。豪华富丽，独具民族特色的寺院金顶、佛塔、大型经堂映日生辉，寺内唐卡、雕塑、壁画别具一格，寺院旁边宽阔的大地上两座巨大的嘛呢堆上经幡随风飘舞，十分壮观；更有燃灯节之夜彩灯高照，酥油花比美，构思精巧制作精美的各型酥油花烘托出寺院的神奇庄严，又恰似高原上神奇的酥油灯会。而赛格寺院的藏戏更是名扬藏区，当莫郎节传诏0会，各寺都在举行盛大的跳神 、颂经活动时，这里却歌舞升平，上演一幕幕《文成公主进藏》、《智美更敦》、《米拉日巴》、《松赞干布》等著名藏戏，整个寺院僧民沉浸在另一派祥和温馨的气氛之中。