甘肃太子山国家级自然保护区位于临夏回族自治州与甘南藏族自治州之间，东南起洮河下游地区，西南与甘南州临潭、夏河、合作、卓尼四县（市）及青海省循化县毗邻，东北和临夏州康乐、和政、临夏、积石四县相接。地理位置介于东经102°43′～103°42′，北纬35°02′～35°36′之间。东西长约100公里，南北宽约10公里。保护区总面积127万亩。
保护区前身为临夏州太子山总场，建场于1957年；1991年更名为“临夏回族自治州太子山水源涵养林建设总场”；2001年12月，甘肃省政府决定将太子山林区移交省林业厅直属管理，2002年7月，省政府颁发了林权证；2003年9月，太子山自然保护区管理局挂牌成立；2005年12月，批准为省级自然保护区；2012年1月由国务院办公厅确定为国家级自然保护区。
保护局为县级事业单位，内设14个部门科室,下辖紫沟、东湾、药水、松鸣岩、新营、甲滩、关滩和槐山子8个保护站（圃），7站1圃设立了42个保护段（点）。保护区成立有甘肃省森林公安局太子山分局，为副县级建制，下辖紫沟、东湾、药水、新营、刁祁5个林区派出所。保护局实行局站点三级管理体系,现有职工442人。
保护区属于自然生态系统类别——森林生态系统类型自然保护区。保护区生物多样性十分丰富，稀有性显著，据考察，共有维管植物838种，其中稀有濒危和重点保护植物有桃儿七、红花绿绒蒿、星叶草等51种；脊椎动物208种，包括雪豹、林麝、苏门羚等国家重点保护野生动物11种，鸟类130种，包括胡兀鹫、苍鹰、蓝马鸡等国家重点保护鸟类21种；有两栖爬行动物8种，其中两栖类5种，爬行类3种；有鱼类10种；昆虫682种；有大型真菌61种。物种总数1789种，占甘肃省物种总数3560的50.25%。
保护区属温带大陆性气候，年平均气温5.1℃，无霜期110天左右，年平均降雨量660毫米。保护区海拔在2200—4636米之间，主要由太子山脉发源而来的一系列山峰和沟谷组成，其中海拔超过4000米以上的山峰有：巴楞山（4080米）、公太子山（4162米）、母太子山（4332米）等。从东向西纵布着近30条峡谷，每条山谷间都有河（溪）流流淌:据统计，发源于保护区的大小河（溪）流近200多条，其中较大的河流有16条。由于境内群峰林立，溪流奔涌，地貌奇特，林海雪原，形成了二郎庙、麻山峡、后东湾、扎子河、药水峡、松鸣岩、铁沟、大湾滩、三岔沟、槐树关、关滩等10多处风光各异的森林风景区，吸引了省内外游客纷纷前来休闲度假、观光旅游。
长期以来，保护局始终致力于自然保护区保护、管理和发展，坚持不懈推进退耕还林、天然林保护、三北防护林体系等林业生态工程建设及国家重点公益林建设，持续恢复扩大森林资源，森林覆盖率达到32.16%，有林地面积由12万亩增加到36.8万亩，活立木总蓄积由11万立方米增加到36.4万立方米，实现了森林资源面积和蓄积的双增长。区内生物多样性也大幅度增加，已造就一片甘肃省中部地区最大的天然林基地。特别突出的是，这片绿色宝地除了稳定地发挥森林调节气候、防风固沙、减碳贮养等功能外，她所涵养的水源，满足了药水、大湾滩、太子山水库等大型水库备用水源，在太子山林区埋设的26条饮水管道，供给着临夏州三分之二人民群众的生活用水和灌溉用水。因此，太子山国家级自然保护区被称为临夏州乃至甘肃省中部地区的绿色屏障。