古日格斯台国家级自然保护区地处大兴安岭南部山地余脉的西麓，位于锡林郭勒盟西乌珠穆沁旗巴拉嘎尔高勒镇东南部55公里处。自然保护区的南部与赤峰市的塞罕乌拉国家级自然保护区、乌拉坝---石鹏沟自治区级自然保护区相邻，西、东北部分别于西乌旗其他乡镇为界。地理坐标为东经 118度03分45秒—118度48分36秒，北纬44度18分21秒—44度34分52秒，保护区总面积为98931公顷，其中核心区面积43919公顷，占保护区总面积44.4%；缓冲区面积15883公顷，占保护区总面积16.1%；实验区面积39129公顷，占保护区总面积39.5%。保护区内有林地面积为60078.7公顷，占保护区总面积的60.7%；草原35091.8公顷，占保护区总面积的35.5%；湿地3760.5公顷，占保护区总面积的3.8%。
古日格斯台国家级自然保护区是以该自然保护区内的“古日格斯台山”蒙语命名，汉译为“有狍子的山”的意思，该山海拔为1957米，是锡林郭勒盟最高的山。古日格斯台国家级自然保护区成立于1998年，2008年5月，被评为盟级环境教育基地，2012年1月，经国务院办公厅审定为国家级自然保护区，成为锡林郭勒盟境内第一个森林生态系统类国家级自然保护区。自然保护区管理局现有管理人员25人。保护区管理处现设6个科室，分别为办公室、保护科、科研监测科、宣教科、计财科、社区服务中心。下设二个林业公安派出所，2个管理站，7个管护点，3座瞭望台，有专职护林员70名。
古日格斯台自然保护区是大兴安岭南部山地最典型、最完整森林、草原生态系统，处于东亚阔叶林与大兴安岭北部寒温带针叶林、草原与森林双重交汇过渡的典型地带，是连接各大植物系的纽带和桥梁。自然保护区生物类型多样，动植物物种丰富，被称为“植物的王国，动物的乐园”。有森林、沙地-伏沙地复合群落、灌丛、草原、草甸、湿地6大植被类型，包括了10个植被亚型、47个群系组、80个群系。
经实地考察，区内有苔藓植物22科75种，大型真菌植物16科52种，其中可食用真菌有蒙古口蘑、野蘑菇、金针磨、木耳、毛木耳等30余种，药用真菌有大马勃、小马勃、紫马勃、灵芝等10余种；维管植物94科330属654种6变种，有野大豆、草苁蓉、沙芦草、内蒙古大麦草等国家二级保护植物4种；有山丹、芍药、龙胆、沙参等内蒙古自治区重点保护植物20种；有甘草、秦艽、达乌里龙胆、防风、黄芩、远志国家重点保护野生药用植物6种；有猪毛菜、蕨菜、黄花菜、山葱、龙须菜、野韭菜等野菜100余种。
由于古日格斯台自然保护区特殊的地理位置和多样丰富的自然资源，为野生动物提供了良好的隐蔽、觅食、栖息和繁殖条件，成为野生动物活动场和避难所，每到繁殖期，有大量的黑鹳、大鸨等珍稀濒危鸟类来这里繁衍生息。经调查确定，保护区内现有脊椎动物66科223种，其中鸟类有165种，兽类有44种，爬行类有5种，两栖类有3种，鱼类6种。其中有国家一级保护动物黑鹤、大鸨、金雕、丹顶鹤4种，有国家二级重点保护动物黑琴鸡、鸿雁、大天鹅、灰鹤、大雁、燕隼、青羊、马鹿、雪兔、狼、草原雕、猞猁等29种，有《国家重点保护脊椎动物名录》中记载的33种，被列为《中国濒危动物红皮书》的有21种，被列为《世界受胁鸟类》的有5种。
自然保护区有丰富的水资源，流径7万多平方公里乌珠穆沁盆地的9条河流，其中有5条主要河流发源于古日格斯台自然保护区。属乌拉盖水系，河流总长度为1123公里，流域面积16396平方公里，年径流量1.1亿立方米。保护区不到1000平方公里的面积涵养着乌珠穆沁盆地70%的河流量，是乌珠穆沁草原人民生产生活的生命线与经济线。
保护区加强各方面的管理工作，建立健全各项规章制度，全面实现了规范化管理。对保护区主要路口及重点保护区域制定了防火宣传及爱护环境的宣传标语；对保护区四至界限埋设界桩。保护区每年利用“3.12”植树节、“4.22”地球日、“6.5”世界环境日等重大环境纪念节日，通过媒体、发放传单等多种形式进行广泛宣传教育活动，以此提高人们的保护环境、爱护环境、建设环境的良好意识。所以，内蒙古古日格斯台自然保护区是集保护、科研、旅游为一体的综合类保护区。、
主要保护对象：
1、保护大兴安岭南部山地北麓森林-草原生态系统及其所包容的物种多样性。
2、保护乌珠穆沁盆地国际重要湿地乌拉盖水系河源湿地生态系统。
3、保护栖息于该生态系统中的野生马鹿（东北亚种）、斑羚、青羊、野猪、猞猁等大型野生动物种群。
4、保护国家重点保护鸟类大鸨、黑鹳、金雕、丹顶鹤、黑琴鸡、红脚隼、黄脚隼、蒙古百灵、兀鹫、蓑羽鹤及其珍稀濒危鸟类的繁殖地。