北京交通大学档案工作始于建校初期，与学校发展同步。1999年3月学校内部管理体制改革，将原校办综合档案室,人事处、人事档案室，学校史志办公室合并建立了北京交通大学档案馆。它既是本校档案工作的职能管理部门，又是永久保存和提供利用本校档案的科学文化事业机构。2001年，北京电力高等专科学校档案室并入北京交通大学档案馆，接收电专教职工档案820卷，学生档案1710卷。目前馆藏总数达75207卷。1999年12月经专家组评审，北京交通大学档案馆被认定为档案工作目标管理国家二级单位。
【档案馆机构设置】目前档案馆内设有档案人事、 综合、技术、史志研究室和校史展览馆。人事档案室主要负责教职工人事档案、在校学生个人档案的管理工作；综合档案室对全校各立卷部门的文书立卷工作进行业务指导、检查验收；技术室负责档案信息化建设和档案法规建设。史志研究室负责档案编研史料研究等工作；校史展馆负责校史史料的陈列、展览工作。是对师生进行优良传统教育和爱国荣校教育的基地。
【档案馆设施】北方交通大学档案馆新馆天佑会堂位于北侧的第四教学楼。整幢楼面积2500平方米，一层为办公用房和库房，二层为校史展览馆。档案库房全部采用密集架，档案用房实现了三分开。综合库房210平方米，电脑密集库近270立方米，人事档案库房75平方米，密集库80立方米。
【档案馆馆-事案卷】截止2006年，馆藏总数75207卷。其中保存人事、党政、教学、科研、基建、设备、财会、照片、出版物九个门类的档案。其中人事28204卷，综合档案馆藏45457卷。按门类分别为：文书档案18284，财会档案8228，科研档案1200卷，研究生档案9156卷，本科生论文587卷，出版物159卷，教材114卷，设备档案1546卷，照片7328张，底片3095张，蓝图8107张，底图4497张。
【档案馆馆藏综合案卷】截止2006年，馆藏总数75207卷。其中保存人事、党政、教学、科研、基建、设备、财会、照片、出版物九个门类的档案。其中人事28204卷，综合档案馆藏45457卷。按门类分别为：文书档案18284，财会档案8228，科研档案1200卷，研究生档案9156卷，本科生论文587卷，出版物159卷，教材114卷，设备档案1546卷，照片7328张，底片3095张，蓝图8107张，底图4497张。
【档案馆馆藏实物档案】扩充了档案门类，丰富馆藏，增加了实物档案，共收集外事处、图书馆、校长办公室等单位保存的各类礼品200余件，获奖证书209份，奖状、锦 旗、证章46件。
【校史展览】 2001年9月14日，由北方交通大学档案馆主办的校史展览正式开幕剪彩。2005年为迎接北京交通大学百年校庆前夕对校史展进行重新设计编排，从校史展的展示理念、内容补充、照片选择、文字说明到制版、展舍装饰都体现了历史和时代风貌。北方交通大学校史展览，记载着我们学校从创建到发展、从单科性的讲习所到多科性大学并加快奔向研究型大学的奋斗历程和在成长道路上所经受的曲折与艰难，也记载着学校严谨治学、注重实践和团结奋进的一贯校风。展览主要由"学校创建"、"组成交通大学"、"颠沛流离坚持办学"、"返平复课为学校新生而斗争"、"学校新生、探索教育改革道路"、"十年浩劫，拨 乱反正"、"改革开放，再创辉煌"、"桃李芬芳、校友情深"8个部分组成。分序幕厅和三个展室。序幕厅展示北京交通大学与上海、西安、西南四所交大的共同渊源。从南洋公学成立的1896年至今，北京、上海、西安、西南四所交大的共同母校--交通大学，在一个多世纪中，为祖国造就了一批又一批人才，取得了辉煌的成就。第一展室主要是历史部分，它展示了自1896年至我校1909年建立到1949年抗日战争胜利后，返平复校、迎接解放，随着中国时局的动荡而经历的艰难曲折及广大师生为学校新生不懈奋斗的历程。第二展室主要展示学校改革开放以来，从1978年至今20多年来学校发生的巨大变化。第三展室主要展示了百年来在学校任教的一些著名专家，教授以及杰出校友的情况简介，展出了国内外校友及有关单位赠送给学校的礼品。三个展室共展出照片一千多张，展板近300块。
【档案管理】档案馆已部分实现了计算机管理，建立了档案目录数据库，输入了档案信息近4万条。建立了“北京交通大学档案馆”网站，网上校史展和馆藏书画展。档案馆十分重视档案的现代化管理，现已拥有多台配置较高的微机和自动化办公设备。从2000年开始使用"档案管理系统"至2006年新安装使用"网络版档案管理系统"，逐步建立了机读目录数据库、照片档案数据库。著录案卷级、文件级目录3万余条，初步实现了馆藏档案的计算机检索，依托校园网初步实现校内单位网上归档。研究与开发了档案信息资源。今后，将进一步实现档案文件的采集、著录与标引自动化和智能化，全面实现电子文件归档与管理。针对研究生学籍档案具有档案数量庞大、利用率高的特点，对此我们采用了数据整体导入方法进行电子化管理。并根据我校的实际情况对全校40个归档部门分别进行目录设计和操作定制，增强了系统安全性，简化了操作，提高了效率。目前正在落实财政部修购项目《北京交通大学档案信息化建设》。
【档案学术研究】近二十多年，北京交通大学档案馆档案学术研究活跃，承接铁道部科技司《中国铁路志——线路卷编写》约200万字的重大研究项目。主持编撰了《北方交通大学志》（1896—1996），人民铁道出版社；《北方交通大学校史资料》（共18期），内部刊物；《中国铁路史》（1976—1949）内部刊物；《中国铁路教育史》（1949—2000）中国铁路教育篇，2007/9 西南交通大学出版社。编撰交大文化产品系列，出版了《拼搏与奋进》、《我与交大》、《中国桥魂》、《京色交大》。《拼搏与奋进》和《京色交大》是一本反映我校从创建到2000年发展壮大的史料书。从2003年开始，从资料收集到编写历时2年。《中国桥魂》一书，受到各界人士的一致好评，该书图文并茂，书中的图片资料，是已经出版的茅以升系列丛书中，内容最丰富的一部纪实史书。《我与交大》是交大人写自己在交大学习与生活的一本书，时间跨度从建校初期至今，记叙了交大的百年沧桑。全馆在省级以上刊物和大型学术会议发表多篇学术论文。