剑阁以“剑门天下雄”著称于世。作为古代秦蜀交通枢纽和兵家必争的战略要地，向来受到历代统治的高度重视。行政建置较早，东汉末年剑阁境内置汉德县，自南朝至清末1400余年间一直置州设府。因此，这一地区也开发得早，建校兴学历史悠久。剑阁中学的历史源流，近可以追溯到清代的兼山书院，远可以上溯到宋代的官学。
剑阁中学的校址位于剑阁县普安镇卧龙山麓，前临闻溪河，门对鹤鸣山。先是唐代天宝年间（742－755）剑州刺史韦明宗在这里建造东园（本名“闻溪”，习称东园）。后成为州城一大景观，是供人们登临游览的一大胜地。
唐代和北宋州学设在州衙之后，南宋淳熙六年(1179）始由知州张渊迁建于东园。淳熙十三年（1186）知州杨为缉重修大成殿，当年冬月动工，次年春完工。绍熙无年（1190）剑州升为隆庆府。翌年，隆庆知府费少南、通判吴旰重修学宫，并在原有基础上加以扩建，绕以垣墙。庆元元年（1195）隆庆府教授赵大全修讲学、聚辩之所－明善堂。绍定四年（1231）教授王应在其东建成三贤堂，画周敦颐、程颢、程颐像于内，张、朱熹侍其左右，陈概、赵大全二人附于后，以示弘扬程朱理学。
元皇庆三年（1313），剑州遵令以宋儒周敦颐、程颐、邵雍、司马光、张载、朱熹、张 吕祖谴等从文庙。元末兵火，学毁庙存。
明洪武五年（1372），署剑州事昭化县丞董养性于旧址左近取民间住房构为堂斋。正统十四年（1449年）知州宋诚、训导陈迪实在旧址之右重建儒学，修明伦堂（即大成殿）和东西斋舍，立重门于外，门外设习射场地。缭以围墙护栏。景泰三年（1452）知州王维修。咸化十年（1485），知州张明改建堂斋。弘治七年（1494），知州禹祥建号舍（诸生宿舍）20余间和义路、儒林二坊。正德十年（1515），知州李璧、州判赵思仁倡铸明伦堂铜钟，并于正德十二年（1517）修葺学宫。嘉靖二十四年（1545）知州刘焯距旧学百武（举足一次跨出的距离为武，即半步）新建州学。嘉靖二十九年（1550）冬十月，知州陈叔美选择旧址西上方平旷之处重修文庙学宫，计有大成殿、东西二庑、 戟门、棂星门、启圣祠、名宦乡贤祠、尊经阁、敬一亭、庖厨仓储、阶砌围墙、门外左右而坊，历时两年多，至嘉靖三十二年（1553）春二月竣工。万历四十五年（1617），何出图以阆郡别驾剑州事，鉴于文庙颓敝，遂于万历四十六年（1618）量采剑道植柏重修殿宇。万历四十八年（1620）知州张嗣谟维修学宫，于文庙东南边剑奎楼。
明朝末年，文庙学宫殿于兵燹，清顺治十四年（1659）知州徐恭重建明伦堂。康熙二十三年（1684）署剑州事成都司马阎永吉重修考棚。康熙二十九年（1690）剑州学正邹 增建东西庑、戟门、名宦乡贤祠。康熙五十一年（1712）学正杨鹏羽修棂星门。雍正二十九年（1690）知州李梅宾重修东西二坊、棂星门、钟楼、鼓楼、凿泮池，此至剑州文庙建筑形制臻于完备。