马巷原名马家港,另传为马姓商人所居,故又称马家巷,马厝巷。明代马巷为石浔澳与刘五店汛之间港口、汛地,分航丙洲、金门、厦门岛、台湾,称“马家港”;古时唐厝港帆船直航至坝仔下古渡口。上世纪50代曾出土木船板,岸上遍地布残留地基、瓦砾,因有村名踏石。元至元年间设踏石巡检司。康熙十九年(1680年)官澳巡检司改驻踏石即马家巷。传马巷街马氏于明嘉靖十八年(1549年)由金门迁入。戚继光评定倭患后(1563年),马氏在舫山古宫旁搭茅寮卖金帛香烛,后改雕塑佛像,定居五甲美“六坎”,店称“马开基”。舫山古宫建在街巷中心,故小街巷定名马家巷、马厝巷。另一说,唐德宗贞元十九年(803),朝廷派陈渊从河南固始县到泉州郡设马场五处,金门、马巷皆为牧马场。后马场解散,饲马户改姓马,为同安马氏之源,聚居地即“马家巷”。又传朱熹在同安当主簿时,马巷已是同安重要通道,从小盈岭经店头、马巷、新店到刘五店。宋绍兴年间,朱熹路过马巷登舫山,题联“依山临海,地蕴山川灵气,来脉竞秀,砂水翕从,凤舞于左(鸿渐山),印斗列右(印斗山),青龙(金门山)、白虎(厦门山)蹲水口,作下砂之护”,感慨“五百年后必有通利之所”,挥笔写下“五百年后通利地,五百年前利不通”,后人建通利庙。明中期,马巷已是“人居稠密,商贾辐辏”。清乾隆四十年(1755)设马巷厅,“店铺栉比,烟火万象”。舫山书院始建清同治六年(1867),当时马巷最高学府。