石扇镇因地理关系,区乡镇行政的设置都比较专一。清康熙年间,全县设36堡,石扇设立石扇堡,辖六约。民国二十年(1931年),属梅县第二区管辖。民国二十九年(1940年),改为石扇乡,下辖17保。1949年,中华人民共和国成立后为石扇区。1950年3月,并入城北区,设石扇乡,村建制不变。1952年3月,石扇恢复区的设制,称第三区公所。1956年,撤区并乡,称石扇乡人民政府。1958年11月,成立人民公社,称石扇公社,下设12个生产大队,大队下设生产小队。1958年冬,梅蕉合县,并入新铺公社,石扇设管理区,各大队、生产队未变。1961年,分出蕉岭县,恢复石扇公社。1968年4月,改称石扇革命委员会。1980年,撤销石扇革命委员会,称石扇公社。1983年,取消人民公社建制,称石扇区公所。1987年5月,废区设镇,称石扇镇人民政府。