明清时期属海宴都。民国至建国初期称第十区,1956年为深井乡,1958年改深井公社,1961年析置那扶公社。1984年改深井区、那扶区,1986年分别撤区建深井镇、那扶镇。1996年,深井镇面积148.5平方千米,人口3.6万人,镇政府驻深井圩,距台城71千米,辖深井圩、田洞、岭背、金坑、坪朗、河西、大斜、蚬滩、牛围、大东坑、井东、康华、下斗、山蕉坑、高洞、濑山、马头、江东、东头、湾肚、新江、小江、湖山、官冲24个管理区(行政村);那扶镇面积86.4平方千米,人口2.7万人,镇政府驻那扶圩,距台城60千,辖蓝田、那北、马山围、横墩、沙潮、那中、汶水、龙岗、东星、那南、洪坝、大洞、长江、沙溪、泗门、虾尾、一联、将军山、居民19个管理区(行政村)。2001年,将原隆文镇部分行政区域并入深井镇。深井镇面积171.4平方千米,人口4万人,辖深井圩居委会和江东、河西、井东、井西、獭山、河东、小江、康华8个行政村;那扶镇面积143.9平方千米,人口2.6万人,辖9个村(居)委会,186个自然村。2006年,撤销那扶镇,并入深井镇。