药王庙位于化龙山右，始建不详。原在乌木桥旁，明末毁于兵燹。后又修缮。康熙十七年（1679年8月）被洪水冲毁。嘉庆二十四年（1820年）修缮。正殿保存完好，内供药王孙思邈。两边有厢房，外墙尚存，但山墙基石和灰砖风化严重。
相传安居儒学训导李含章被毒蛇咬伤。随即到药铺医治，可伤口逐渐肿胀，更加疼痛。当晚从手肿至脖子。昏睡中梦见一个身穿仙袍的人对他说：“快去采一把艾蒿，分一半熬水清洗伤口，同时喝一碗艾蒿汤。然后把另一半艾蒿捣烂敷在伤口处。”说完不见踪影。第二天早上醒来，李含章把梦中之事讲给邻居听，邻居们认为是药王菩萨显灵。李含章就按照菩萨所指去做。第三日，果然肿胀渐消、疼痛消失，不几日痊愈。为了感谢药王菩萨。决定在儒学训导署旁改建药王庙，以报药王救命之恩。