百塔寺位于终南山北麓长安区王庄乡天子峪口，地势高敞，视野辽阔。东眺五台翠华，群峰耸立；西览草堂烟雾，沣水碧涛；南依巍巍秦岭，林木葱郁；北视关中平原，沃野千里。正所谓龙脉龟背，风景绝佳，隋唐时期即为佛教僧侣修行之道场。
百塔寺始建于西晋太康二年(281)，原名淳化寺。隋开皇十四年(594)复建，称至相道场。因三阶教创始人信行禅师圆寂后葬于寺院附近，故又名信行禅师塔院。是隋、唐佛教三阶教的祖庭。唐大历六年771)改名为百塔寺。百塔寺在隋、唐时期盛极一时，规模巨大，殿宇宏伟，寺僧众多，占地千亩，有“骑马关山门”之美誉。宋时百塔寺之规模犹存。之后寺院不断衰败，到了明代时期百塔就所剩无几了。
清同治元年(1862年)，南山一带诸多寺院均毁于战火，百塔寺亦未能幸免。民国初年，该寺残墟犹存，规模已大不如前，只留下北门城楼(即山门)垣墙、古槐、照壁依然可观。残垣内存殿堂三座，皆五开间，名禅兴堂、德道堂、十方道场。寺院后有藏经楼，另有僧舍六十余间，当时寺院住持为心开和尚。院内外有唐槐四株，重达两千余斤的铁铸古洪钟一口，直径四尺的黑铁锅两口，枝繁叶茂的参天银杏树一株，寺西有方形五级砖塔一座，直插碧空，独立终南。在寺之东南山下有塔院四十余亩，俗称“尚人墓”，存大小石塔数十座。
民国三十年(1941)前后，国*民党黄埔军校第七分校驻扎在王曲曹村一带。为了修建军队营房，将百塔寺大殿庙宇大多拆毁，法器什物抢劫一空，伐树毁像，寺内之古钟、大锅、名人壁画、经幢毁之净尽，荡然无存。
百塔寺自晋代开始即成为游览胜地，历代名人多有访游。东晋王羲之在此写过《心经》石碑，碑现存西安碑林内。北宋苏轼游览南五台诸寺及草堂寺、太平峪时，曾止宿于此寺。明赵、清王弘度都作过《百塔寺》诗抒情咏怀。寺内现存有刻于唐贞观五年(631)的《化度寺故僧邕禅师舍利塔铭》，总章三年(670)的《道安禅师塔铭》及立于开元四年(716)的《太常协律裴公妻墓志》等碑铭。大殿后的银杏树，相传为隋、唐时栽植，被称为“中国第二银杏树”、“千年活化石”，高约30余米，树冠达百余米，树围18余米，浓荫覆盖半个寺院。银杏树历尽千年风霜，依然枝叶茂盛，长势见旺，1998年西安市公布为重点保护文物。1999年日本三阶教研究专家西本照真大师莅临百塔寺，称赞说“此树是三阶教兴衰的活见证”。最后一次修复百塔寺是在1986年，隆和老和尚带领僧众弟子，建起了现在规模的百塔寺。