法雨寺位于涪陵城西聚云山峰顶，前临悠悠长江，后有群山逶迤，海拔高度366.5米。山上林木苍翠，终年云雾缭绕。有神仙洞、龟门关等古迹。相传，神仙洞为南齐第六位皇帝肖宝卷的衣冠冢，此处崖险壑秀，清凉幽静。石壁上现存古人题写的“佛”、“神仙洞”、“洞天福地”等石刻。龟门关地势险要，为古时涪州五关之一。 公元639年聚云山首建寺院。据寺内现存残碑记载：“唐贞观十二年始建阎王殿于山巅”。法雨寺数经兴废，先后使用过白云观、龟龙寺、东岳庙、赛丰都、天子殿等寺名。
唐天宝年间，唐明皇游长江经龟门关，见聚云山祥云升腾，香烟缭绕，梵呗妙音不绝于耳，遂率群臣入寺，焚香点灯供水献花，礼拜诸佛菩萨，祈求保佑大唐国泰民安，繁荣昌盛。并供养银钱千两。时，唐明皇赞涪州荔枝为果中佳品，因贵妃杨玉环嗜好此物，涪州天宝荔枝一时名扬天下。 清康熙十七年（公元1678年），康熙帝巡视涪州，赞叹法雨寺：“香火旺盛，庙宇恢宏，外展博大，内含精深，好一个精致佛门圣地！”。高兴之余，赐黄金三千两，以申供养。清康熙十九年（公元1680年），寺僧为表述皇帝的功德，建殿堂一座，命名为“天子殿”。所以，民间多称法雨寺为天子殿。清乾隆二十九年（公元1764年），涪州知州牧国栋将其更名为“聚云寺”，并以《聚云山晚归赠源澈上人》为题，赋诗一首：“千峰环古刹， 石磴入云层。暂作偷闲客，欣逢竹院僧。人随明月到，心与大江澄。归路何愁晚，回头有佛灯。”此后法雨寺香火更加兴旺。 清光绪年间，寺僧用涪陵特产青菜头制作的泡菜和腌菜，风味殊美，名扬川中；寺院的馒头、豆花因用山上 “神水”做成，味美可口，清爽怡人，据传吃了可消灾免难，长生不老。 1958年以后，聚云山的林木逐渐砍伐殆尽，寺庙亦毁损跨塌。 1995年8月涪陵市人民政府从新批准开放法雨寺。由重庆市佛教协会会长惟贤长老将天子殿改名为法雨寺。释本一任住持。
2000年11月由释正智接任住持。
2001年11月成立法雨寺第二届管委会，释正智任主任，释正伦、释正学、吴本玉、杨建珍为成员。
2002年法雨寺请重庆煤炭设计院作总体规划设计并通过评审。
2002年7月举行法雨寺一期工程奠基仪式，市佛教协会会长惟贤长老出席会议。接着，启建一期工程，2003年竣工并交付使用，迎请缅甸玉佛六尊。
大雄宝殿，建筑面积273.36平方米，座南向北，仿明清式古建筑，砖混结构，高度17米，长20米，宽10米。桔红色琉璃瓦屋面，内供缅甸玉佛六尊：释迦牟尼佛、阿难、迦叶，阿弥陀佛、观音菩萨、大势至菩萨。
观心楼，砖混结构，建筑面积2043.36平方米，内设办公室、客堂、住宿、会议室。
文殊殿，因占据了汽车出入通道，地面未完工，建筑面积102平方米。
2003年国庆节举行法雨寺一期工程完工、佛像开光、传授居士菩萨戒仪式，出席仪式的市区领导有：市民宗委洪道元副主任，哈培炎处长，区委常委、-部部长苏建华，民宗办主任郑永模。
2005年10住持释正智，随中国佛协组织的“中日韩三国佛教友好交流团的中国随喜参拜团”出访韩国。
2005年底，法雨寺占地面积15866.95平方米，建筑面积2659.36平方米，临时性建筑面积约800平方米。